Variantes COVID aparecen a la ‘velocidad de la luz’ y laboratorios no están listos para identificarlas

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Una variante del virus puede modificarse semanalmente, lo que significa que se deben realizar secuenciaciones desde cero para actuar frente a la nueva forma del patógeno.

No hay un buen lugar para pararse dentro de la instalación de secuenciación del Laboratorio de Respuesta a Pandemias en Queens, Nueva York. Da un paso en falso y estás bloqueando a una técnica de laboratorio vestida mientras transporta una placa con el ARN de 384 muestras de prueba de Covid-19 a una máquina que ejecuta una prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), identifica los positivos y los extrae con un brazo robótico.

Un científico de datos se apresura a llevar más muestras de ARN a un dispositivo que las convertirá en ADN. En la esquina hay máquinas de secuenciación genómica que unen trozos cortados de ese ADN para identificar qué forma de SARS-CoV-2 tiene un paciente. Nombra una mutación de la que hayas oído hablar, y este laboratorio la ha visto, ya que participa en los esfuerzos nacionales y mundiales para secuenciar genomas de virus, detectar variaciones nuevas y peligrosas y detener su propagación.

Las cosas se mueven en este mundo con una velocidad alucinante. A principios de este año, la principal preocupación era el alfa, una variante identificada originalmente en el Reino Unido, que parecía propagarse más fácilmente que el coronavirus de tipo salvaje’ original. Hacia fines de abril, el Laboratorio de Respuesta a Pandemias (PRL) detectó la mutación delta, identificado por primera vez en la India y se cree que es incluso más contagioso que el alfa. Una variante como alfa o delta se distingue por cambios en su código genético que han alterado efectivamente el comportamiento del virus. Delta tiene más de 20 diferencias en su composición genética, algunas de las cuales pueden facilitar que la proteína de pico se una a las células humanas y ayude al virus a evadir los anticuerpos. La secuenciación ha demostrado que los casos delta constituyen casi el 70 por ciento de los positivos de Covid en la ciudad de Nueva York. El CDC estima que actualmente la variante es responsable del 83 por ciento de los casos en todo el país.

A fines de junio, PRL (que se pronuncia “perla”) comenzó a prepararse para analizar muestras en busca de “delta-plus”, una mezcla de mutaciones identificadas por primera vez en India y Sudáfrica. “Semanalmente, estas definiciones variantes pueden cambiar”, dice Henry Lee, director de genómica de PRL. Cuando lo hagan, el software debe actualizarse, las muestras deben volver a analizarse y las autoridades deben averiguar cómo responder. Es como ver un incendio forestal COVID: encuentra una nueva mutación, observa cómo se propaga, calibra una respuesta, encuentra una nueva mutación y observa cómo se repite el proceso, esperando que la respuesta sea más efectiva esta vez.

El laboratorio de Lee envía sus datos de secuenciación al departamento de salud de la ciudad de Nueva York, luego los epidemiólogos los usan para estudiar preguntas como si un caso es una reinfección o si sucedió en una persona vacunada. De esta manera, evalúan qué tan peligrosa es una mutación: qué tan rápido se puede propagar, qué tan grave puede ser, qué tan efectivas son las vacunas contra ella.

Luego, los funcionarios de salud pública pueden decidir si promulgarán medidas de seguridad como el enmascaramiento y la cuarentena. La secuenciación de datos también puede contribuir a la lucha a largo plazo para poner fin a la pandemia al ayudar a las empresas farmacéuticas a planificar las inyecciones de refuerzo .

Y, sin embargo, a pesar de todo el valor que proporciona la secuenciación genómica, nadie le pagó al Laboratorio de Respuesta a Pandemias para comenzar a hacerlo. PRL se formó como un sitio de pruebas de COVID con fondos de la ciudad el otoño pasado, luego pasaron meses mientras Lee y sus colegas esperaban una guía sobre cómo se secuenciarían las muestras positivas. Jon Brennan-Badal, el director ejecutivo de 35 años de la empresa que creó PRL, Opentrons Labworks, recuerda haber estado en una llamada con funcionarios de la ciudad, tratando de averiguar cómo llevar muestras a otro laboratorio para este propósito.

“La conversación tocó fondo, porque pensamos, ‘Oh, se necesitará mucho dinero para que esto suceda’”, recuerda. Las aseguradoras no lo reembolsarían, porque la secuenciación rara vez, o nunca, influye en el tratamiento de un caso determinado. PRL decidió comenzar a hacer el trabajo de forma gratuita. “Es una decisión comercial no racional si solo te preocupas por el valor para los accionistas”, dice Brennan-Badal.

Opentrons tenía el lujo de ser una empresa privada y de disponer de capital y equipo. Su negocio principal es el suministro de los tipos de robótica que se utilizan en PRL y otras instalaciones médicas, que han estado ocupadas durante la pandemia. Pronto el laboratorio ampliará su funcionamiento a otras ciudades. En marzo, Opentrons anunció el lanzamiento de cuatro centros nacionales de pruebas de COVID (en Los Ángeles, Nueva York, Seattle y Washington, DC) para ayudar a que los niños regresen al aula.

La compañía cobrará 25 dólares por una prueba conjunta; esas muestras se enviarán de regreso al laboratorio de Queens para su secuenciación, con esa parte, nuevamente, en el centavo de PRL. “El enfoque que tomé con esto es que nadie está dispuesto a pagar por ello, pero todos están felices de tenerlo”, dice Brennan-Badal. “Si les preguntaras, ‘Oye, ¿pagarías un dólar extra por ello?’ ellos dirían, ‘Whoa, whoa, whoa’”.

A los científicos y funcionarios de salud pública de todo el país les encantaría ver que el tipo de información que está produciendo Opentrons se recopile en masa y se introduzca en un sistema de vigilancia nacional rápido y completo. Sin embargo, durante gran parte de la pandemia, la secuenciación ha sido fragmentaria, distribuida entre departamentos de salud estatales, laboratorios académicos, hospitales, organizaciones sin fines de lucro y unicornios comerciales como PRL. El sistema está tan disperso que es generoso incluso llamarlo sistema. Los diferentes tipos de laboratorios tienen diferentes prioridades para los datos. Algunos funcionan rápidamente, otros tardan más. Algunos han tenido problemas para obtener muestras. Las regulaciones difusas han causado retrasos y dolores de cabeza en todas partes.

Quizás en la señal de progreso más esperanzadora en los Estados Unidos, la administración Biden anunció en abril que dedicaría 1.7 mil millones de dólares para desarrollar la capacidad de secuenciación. Pero hasta ahora eso no ha supuesto un cambio radical, a pesar de las súplicas de los científicos de que el sistema debe repararse en cuestión de semanas, no meses, y ciertamente no años.

“Hay una falta total de coordinación y un plan sistemático”, dice Eric Topol, director y fundador del Scripps Research Translational Institute, con sede en California, que alberga una de las operaciones de secuenciación COVID más grandes del país. “No sé por qué no se mueve como debería. Esto debería ir a una velocidad muy alta, y eso no está sucediendo“.

“Este es el país que fabricó y fue pionero en los métodos para hacer este tipo de trabajo. Me parece espantoso que no fuéramos también los líderes en usarlo "

Kenny Beckman, director del Centro de Genómica de la Universidad de Minnesota (UMGC), tiene una visión para el futuro de la lucha contra una pandemia en Estados Unidos. Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), dice, deberían crear un rastreador robusto y fácil de usar que vigile las mutaciones del virus en algo cercano al tiempo real, al igual que el Centro Nacional de Huracanes rastrea las tormentas. Los científicos de los laboratorios públicos y privados se alimentarían en secuencias, que se compilarían para crear mapas sencillos de la actividad del virus que todos, desde los expertos en salud hasta el público curioso, podrían consultar para ver qué mutaciones hay en su vecindad.

Con información de El Financiero.